为确保医保基金安全，有效实施城乡居民基本医疗保险、城乡居民大病保险等民生工程，维护参保人员利益，怀宁县自2009年开始试点实施按病种付费，不断进行有益探索，积极推进支付方式改革。
        在选病种上，该县医保经办机构会同县内医疗机构，结合医院收治的常见病及省市相关文件，选定合适病种执行按病种付费，逐年进行动态调整，目前按病种付费病种已从最初的10个扩大到225个。在定标准上，医保经办机构与医疗机构进行协商、谈判，科学地制定出每一种疾病的定额支付标准，并按标准与定点医疗机构结算，有效地控制了医疗费用的不合理增长，阑尾炎等病种次均费用低于试点前，胆囊结石等病种10年来年平均增长幅度不到2%，远低于其他病种和CPI平均增长幅度。在促执行上，按病种付费政策规定实施，对确因病情复杂、住院费用超过定额标准的，经评审医院承担部分由医保基金追补，今年1—6月份，该县按病种付费执行率为72.37%。
        此外，在扩方式上，自试点实施按病种付费后，怀宁县同时探索试点按人头总额预算、住院按床日付费、门诊按病种付费、中医适宜技术门诊按病种付费等复合型支付方式，全面推进支付方式改革，形成了较完善的医疗费用控制体系，并在县内医疗机构中实现全覆盖，工作成绩多次受到国家、省、市表彰，确保了基金安全健康运行。